A auditoria interna constitui-se em um conjunto de procedimentos, tecnicamente normatizados, que funciona por meio de acompanhamento indireto de processos, avaliação de resultados e proposição de ações corretivas para os desvios gerenciais da entidade à qual está vinculada. Os trabalhos de auditoria são executados por unidade de auditoria interna e tem como característica principal o assessoramento à alta administração da entidade, buscando agregar valor à gestão, racionalizar as ações de controle e prestar apoio aos órgãos do Sistema de Controle Interno do Poder Executivo Federal e ao controle externo.

O fortalecimento da gestão consiste em agregar valor ao gerenciamento, contribuindo para o cumprimento das metas, a execução dos programas de governo e orçamento da União no âmbito da Superintendência da Zona Franca de Manaus - SUFRAMA, a comprovação da legalidade e a avaliação dos resultados quanto à economicidade, eficácia e eficiência da gestão. O apoio ao Sistema de Controle Interno consiste no fornecimento periódico de informações sobre os resultados dos trabalhos realizados, bem como no atendimento das solicitações específicas.

Na forma dos artigos 16 e 17 do Regimento Interno da SUFRAMA, aprovado pela Portaria MDIC nº 123, de 2008, a Auditoria Interna tem o objetivo de fortalecer a gestão e racionalizar as ações de controle, bem como de prestar apoio ao Sistema de Controle Interno do Poder Executivo Federal, do qual faz parte, e ao Tribunal de Contas da União, em conformidade com as disposições contidas no Decreto nº 3.591, de 06 de setembro de 2000, alterado pelo Decreto n° 4.304, de 16 de julho de 2002 e Instrução Normativa SFC nº 01, de 2001.

De acordo com o Regimento Interno da SUFRAMA, em seu Artigo 16, compete à Auditoria:

1. Verificar o cumprimento das normas contábeis, financeiras e administrativas no âmbito da SUFRAMA;
2. Acompanhar os trabalhos dos órgãos de controle interno e externo;
3. Acompanhar a elaboração e emitir parecer prévio sobre a prestação de contas anual da SUFRAMA, bem como as tomadas de contas especiais;
4. Propor ações de forma a garantir a legalidade dos atos e o alcance dos resultados, contribuindo para a melhoria da gestão;
5. Orientar subsidiariamente os dirigentes da SUFRAMA quanto aos princípios e às normas de controle interno, inclusive sobre a forma de prestar contas;
6. Verificar a consistência e fidedignidade dos dados e informações que comporão as contas do Presidente da República no Balanço Geral da União;
7. Dar orientações prévias e periódicas aos setores da SUFRAMA relativamente à execução de suas atividades; e
8. Elaborar o Relatório Anual de Atividades da Auditoria Interna.